明万历十四年（1586年）11月，在卫承芳的铁腕厉禁下，虽暂时安抚了温州辖区万余饥民，但由于整个浙江省遭灾的面积之大之广，相邻几个州的饥民因为朝廷的救济圣旨迟迟未到，一些州府只得发放存备有限的粮食。一些县域遭灾严重，饥民人数众多，难以施救而不得不让部分饥民涌入温州。

    卫承芳铁腕赈灾，迅即颁布厉禁，仍有三五成群的饥民直抵温州地界。卫承芳感到前所未有的压力，既不能驱赶，更不能歧视，只能给予生活救济。在联席救灾会议上，忧心忡忡的卫承芳向州府县衙众官吏，再次讲述万历十二年的赈灾律令：地方灾伤，抚按从实勘奏，不论有田无田之民，通行议恤。如有田者免其税粮，无粮免者，免其丁口盐钞，务使贫富一体。

    同时，卫承芳还规定了两项措施：一是严格按照正常渠道报灾和蠲免，杜绝蠲免中的人情因素。二要加强宣传措施，使灾民了解朝廷政策，以杜绝地方官府的舞弊行为。卫承芳要求县衙吏狱，必须按此法令深入饥民当中宣传，派人到各地偏远之地对百姓广泛宣传：一是减除当年的盐课、窑课、军器、鱼课、杂税等。二是各县衙遵守律令，如数统计清查“脏罚银两”。三是各县衙若有五千两“脏罚银两”，发库储脏银三千两和本处仓谷相兼赈灾，为朝廷分忧，泽被灾伤。

    在卫承芳的殚精竭虑下，温州各县的饥民基本安定。而浙江省的台州、衢州、处州等几个州府的饥民，因州府自行救济难度大，备库粮食不多，已开仓放完。由于上奏朝廷程序复杂，迟迟得不到回复，饥民苦等苦盼，个别地方严重饥荒造成“人相食，至有父子、夫妇、姑媳相啖者”的惨景。

    又是三天过去，温州城廓一里外已达三四千饥民，每天耗粮食达到近30石，民间储备的粮食也用去大半，备用的官仓粮食不敢开仓，若一个星期内，朝廷再不拨款或调拨粮食，后果不堪设想。

    随后几天，成群结队的饥民，少则几十，多则几百，在城外不断聚集。卫承芳昼夜上书浙江巡抚，以求救灾万全之策，否则会发生民变，形成气候而难以收拾。

    一连半月，一群群饥民流浪到温州，给温州百姓造成恐慌，也使温州城内物价上涨。一幕幕凄惨景象，击打着卫承芳的良知，他不得不冒死承担未有朝廷准奏而丢官入刑的危险，不顾巡按等官员的劝阻，断然下令打开州府备粮大库，并加大力度设置临时灾民歇息之地，为灾民提供一日三餐。为便于管理，把先前入城的饥民全部安顿在城外，按不同地方进行分类，进行精准管理。渐渐增多的饥民，消耗了大量救济粮食。卫承芳不得不将紧急情况上报巡抚，请求巡抚拨款买粮。巡抚也惧怕民众哄闹造成民变的后果，不得不火速拨款买粮。

    然而，让卫承芳没想到的是，饥民每天增加，饭食、住宿都是问题。一天晚上，洞头县的饥民听说另一个地方饥民的粮食定量比他们多半两，由此引起不明真相的饥民争论、哄闹、开骂、对打，还与官兵发生冲突。更有甚者，一些年轻饥民组成队伍，抢夺官兵手中的武器，即将引发一场突变事件。

    据州府巡视官员禀报，带头闹事者是一位王姓富家子弟，年方25岁左右，其父前两年因捐粮捐物踊跃，被赐与闲置贡生职位，享受免除一些课税、劳役等，享受地方县衙拟定的一些小特权。由于该富家子弟年轻气盛，略读诗书，被当地县令委任为维护饥民秩序的负责人。因其两位老乡偶染风寒，几次恳求将病人送回老家，却被州府一位官员阻止，在争论中引发群体事件。卫承芳闻后，觉得事态严重，必须要特事特办，于是赶紧叫一衙役带上分给自己的粮食和银子，调解安抚饥民。在他的及时制止下，迅速遏制了一场饥民民变。

    沉着冷静的卫承芳，于第二天就发出官府安民书，以正视听，慰藉饥民。同时，通过各县衙查勘该动工而未能修建的项目，急需要大量人工的工程，记工招募修学、修城、浚河、筑堤人员，每人给米三升。

    卫承芳对救济款物不足部分，便拿出罚金百缗，到杭州、嘉兴等地买粮救济，安定灾民，果断地安抚了哄闹事件，也用睿智处理了民变势头。