万源历史悠久，夏商为梁州之域，周为雍州之地，秦属巴郡宕渠县。由汉到明，属达州通川郡东乡县。明武宗正德十年（1515年）割东乡县之太平里设置太平县，清道光时大略成现今之地域。民国三年（1914年）因与安徽省太平县重名，即借“县东北有万顷池、邻邑之水多源于此”之意，改名为万源县。1933年——1935年，红四方面军建立了川陕革命根据地，先后在县内建立万源、红胜、城口三个县苏维埃政府。1935年2月红军撤离，国民党政府恢复原县建置。1949年12月29日万源解放，隶属川北行署达州专区，1952年归属四川省达县专区。1993年7月由原万源县和白沙工农区合并建立万源市。
万源市位于四川东北部，大巴山腹心地带，界于北纬30。39，—32。20，，东经107。28，——108。31，之间，是中国南北气候的分界线和嘉陵江、汉江的分水岭，地处川、陕、渝三省（市）结合部，7个县市的交汇处，襄渝铁路、国道210线（包南路）及川东电网纵贯全市，是进出川的主要通道和重要门户，是连接川陕渝经济、文化、交通的重镇，素有秦川锁钥之称，享有“万宝之源”的美誉。全市幅员面积4065平方公里，辖12镇41乡，373个村，2480个社，总人口569167人，其中农业人口480188人。2005年，全市国内生产总值28.5069亿元，第一产业增加值11.0156亿元，增长5.5%，第二产业增加值8.8807亿元，增长25.3%，第三产业实现增加值8.6106亿元，增长10.9%。市级财政一般预算收入4615万元，财政一般预算支出45518万元，社会消费品零售总额9.5145亿元，固定资产投资13.5868亿元，粮食总产量28.5532万吨；城镇人均可支配收入6186元；农民人均纯收入2650元。
万源属典型的山区农业市，境内山峦重叠，沟壑纵横，海拔高差大，相对高差达2000米，大部分地方海拔600—1400米，占幅员面积的83%。地形由东北向西南倾斜，地貌类型主要为山地。境内属北亚热带湿润季风气候区，四季分明，雨量充沛，无霜期长，垂直地域性差异大。多年平均气温14.7。C，极端最高气温39.7。C，极端最低气温-9.4。C，年均降雨量1246毫米。
万源，古有“秦川锁钥”之称，今有巴山旅游胜地之誉。现交通方便，襄渝铁路纵贯南北，210国道公路穿境而过，北上京城，南下重庆，东到武汉，西至成都，均指日可达。境内省、市、乡道公路纵横交错，公路通车里程达3251公里，基本形成四通八达的公路运输网络。市内通讯便捷，城市基础设施配套，综合服务功能完善。
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