 如果鸡蛋在沸水中煮超过10分钟，内部会发生一系列的化学变化。蛋白质结构变得更紧密，不容易与胃液中蛋白质消化酶接触，所以较难消化。蛋品中蛋白质含有较多的蛋氨酸，经过长时间加热后，它会分解出硫化物，它与蛋黄中的铁发生反应，形成人体不易吸收的硫化铁，营养损失较多。
煮不熟的鸡蛋危害更大。生鸡蛋不但存在沙门氏菌污染问题，还有抗酶蛋白和抗生物素蛋白两种有害物。前者会影响蛋白质的消化吸收；后者能与食物中的生物素结合，导致人体生物素缺乏，产生精神倦怠、肌肉酸痛等症状。而鸡蛋一经煮熟，上述两种物质才会被破坏。
此外，煮蛋时还可掌握以下技巧，以防止营养素的流失：水必须没过蛋，否则浸不到水的地方蛋白质不易凝固，影响消化；煮前把蛋放人冷水浸泡一会儿，以降低蛋内气压；然后用中等火候，冷水煮沸，即可防止蛋壳破裂，避免营养素流失
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