1933年12月，张国焘在红四方面军内掀起了“肃反”运动，三十三军的不少干部战士惨遭杀害。张国焘认为：三十三军指战员绝大多数是当地游击队员，与各界人士有这样那样的接触，成份复杂、历史不清，是“肃反”的重点。在双河场召开的绥定道委(辖宣汉、达县、万源、红胜、城口、渠县六个县委)成立之际，他派周光坦、张琴秋借审查积极分子为名，一次就杀害了八十多人。随即又派陈昌浩、周纯全到黄石场三湾岩红三十三军军部坐阵搞所谓“整军”。他们先以加强领导充实队伍为名，将连以上的干部，特别是政工干部几乎全部换掉，然后从火线上把298团、299团和98师排以上干部调回，清查所谓“反革命”、“阶级异己分子”、“反对派”等。仅一个星期，即逮捕杀害98师师长冉南轩，298团正、副团长吴志太、刘君门及其299团官兵二百余人。297团在峰城进行的火线“整顿”中，逮捕杀害营长任俊卿及以下官兵三十余人。294团在州河防线“肃反”中，逮捕杀害团长牟慈帆、营长李定国及以下官兵四十余人。291团团长唐全弟在“肃反”中失踪，还有不少官兵一夜不知去向。这些被杀害的官兵，曾与敌人血战数年，不曾被敌人枪弹所伤，英勇顽强，敢打敢拼，而却在“肃反”中冤死于张国焘屠刀之下，使得广大官兵百思不得其解。299团团长雷雨苍因害怕被杀而叛逃。尽管如此，军长王维舟仍抱着为党为人民的赤胆忠心，丝毫没有动摇革命信心，顾全大局，坚持工作。红四方面军总指挥部根据红三十三军减员情况进行了整编，第一次撤销97师建制，所辖各团划归红三十军，将师长蒋琼林调任98师师长，98师下辖294、295、296团，99师由王波任师长，下辖297团(原298、299团分别并入295、296团)，全军锐减到两个师四个团5 000余人。整编之后，王维舟积极做新老干部的思想工作，统一了干部战士思想，丝毫没有削弱部队的斗志。
1934年1月初，张国焘又在红三十三军中发动第二次“肃反”，在双河场将98师师长蒋琼林调往后方秘密杀害，将294团副团长彭友之以包庇外侄胡毅的家庭成份之罪撤职。
1934年4月，第三次“肃反”又在红三十三军中进行。当时，红三十三军在万源新店、黄钟堡、涌泉寺一带抗击“六路围攻”之敌，就在战斗打得十分激烈之时，多次打退了敌人进攻之际，红三十三军排以上干部四十余人从火线上被押回后方，事后下落不明。中共宣汉县委领导人牟正国和家属高杰升双双被杀害。在敌我力量对比悬殊的情况下，红三十三军指战员凭着英勇果敢的牺牲精神与灵活机动的战略战术阻击强敌的进攻，在战斗的关键时刻，张国焘又别有用心的指责杨克明作战不力而将他撤职处分。杨克明离开前线回到总部时勉励指战员：“要鞠躬尽瘁、死而后已”。此时杨克明虽受到打击和冤屈，但仍十分关怀爱护战友和同事。在此期间，红三十三军虽再次遭到张国焘的歧视、打击和迫害，但军长王维舟仍忍辱负重，对干部、战士多方进行教育，使全体官兵认识到：我们是革命的组织，对革命绝不能悲观失望、灰心动摇，坚信党总有一天会弄清是非，从而稳定和鼓舞了士气。红三十三军仍继续战斗，担负了配合红九军固守万源大面山阵地的战斗，为保卫万源的大面山做出了卓越的贡献。
1934年5月，刘湘准备向川陕苏区发动第四次总攻，红四方面军也集中兵力在大面山与敌人对峙。红三十三军采取了“东调敌人、攻占城口”的战略行动，既可歼灭盘踞在红军主力背后之敌，消除隐患，进而扩大苏区，又可迷惑敌人，吸敌东调，以支持红军主力反攻。军长王维舟神速向东进攻，在花萼山、官渡湾、庙坡一带与敌人王三春激战，一举击溃其一个团，接着又在大竹河击溃王三春、陈国枢部一千余人，俘敌三百余人，一举占领大竹河。大竹河解放后，中共城口县委在大竹河正式成立。王三春和杨方玉、徐植林等部仍不甘失败组织民团五千余人，妄图卷土重来。此时，红三十三军军部、政治部已迁入大竹河，指挥部队分三路向城口进军。
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